לרשות המסים מערכות הפועלת כל העת, לאיתור טובין המיובא שלא כדין לארץ.
על מנת להחשד בעבירת "הברחה" (על פי סעיף 211 לפקודת המכס עבירה מסוג פשע בנסיבות מחמירות), לא צריך ממש לנסות להבריח טובין או להסליקו כשאין משים לב לתוך שטח ישראל, די ב- "להחזיק" טובין מוברחים, או להתכוון להבריח.
לאגף המכס ומע"מ ישנן מספר יחידות העשויות לחקור עבירות מכס. יחידת יס"מ (סמים מכס) אשר לה סמכויות חקירה, תחקור תיקי הברחה או יבוא טובין שלא כדין.
בנוסף, יחידות החקירות של האגף מוסמכות לחקור עבירות מכס משמעותיות, כאשר מדובר על תיקים בהיקפים גדולים ובעיקר כאשר עבירות המכס מובילות או מהוות מקור לעבירות נוספות, כגון עבירות על חוק איסור הלבנת הון.
עורך דין מכס, אשר עבד כחוקר וריכז תיקי מכס מורכבים, הינו בעל יתרון מובנה ביכולת לתת ערך ללקוחותיו. זאת בשל היכרותו עם האופן שבו יחידות החקירות פועלות, וכן היכולת המקצועית, להבין את ההשלכות האזרחיות (שומות או גרעונות המכס) של החקירה הפלילית אשר כל העת, מהווים השניים, הליכים מקבילים, פלילי ואזרחי.